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Changer le microbiome n’est peut-être pas si facile

by Cynthia Macdonald
août 29 / 18


L’intestin humain contient des billions de microorganismes. Ces dernières années, l’idée d’apporter des changements à son régime alimentaire pour modifier son microbiome et entraîner des effets bénéfiques sur la santé a enthousiasmé bien des gens.

Mais dans quelle mesure l’humain et les autres animaux peuvent-ils vraiment modifier ce qui se cache en eux? Voilà l’une des nombreuses questions qui émanent d’une nouvelle étude fascinante sur le microbiome des primates.

L’analyse mondiale de 18 types de primates non-humains (y compris singes, chimpanzés et lémurs) a démontré que l’anatomie joue probablement un rôle beaucoup plus important que le régime alimentaire dans la composition d’un microbiome donné.

Il s’agit de la plus grande étude comparée jamais réalisée et elle a porté sur des animaux sauvages de l’Ancien Monde (Afrique et Asie) et du Nouveau Monde (les Amériques).

Katherine Amato, l’auteure principale de l’étude, est professeure adjointe d’anthropologie à l’Université Northwestern et Chercheuse mondiale CIFAR-Azrieli. Elle étudie depuis longtemps la relation entre le régime alimentaire et le microbiote intestinal dans des environnements particuliers et prête une attention particulière aux leçons que les primates sauvages pourraient offrir à leur parenté humaine.

À titre d’exemple, prenons le colobe. Ce singe herbivore et arboricole touche rarement le sol, il préfère le sanctuaire des branches de la forêt. Il a une aire de répartition vaste, en Afrique et en Asie.

« Quand nous avons examiné le microbiome de ces singes sur différents continents », dit Amato, « nous avons découvert qu’ils se ressemblaient vraiment beaucoup, même s’ils vivaient dans des endroits différents avec des espèces de plantes différentes. »

Ce que partagent tous les colobes c’est qu’ils sont herbivores. Fibreuses et souvent toxiques, les feuilles peuvent être difficiles à digérer. Selon Amato, l’évolution a équipé les colobes d’une structure intestinale singulière qui les aident à tolérer leur régime alimentaire particulier. Conséquemment, leurs intestins sont colonisés par des microorganismes similaires qui leur rendent le fier service de dégrader les composés alimentaires qui pourraient autrement les empoisonner.

Leur signature microbienne diffère de celles d’autres primates, comme le gorille ou le singe hurleur. Bien qu’ils soient aussi herbivores, ces espèces ont développé leurs propres réactions physiologiques et anatomiques à leur régime alimentaire.

Selon Amato, le microbiome des primates change en raison d’« une espèce de va-et-vient entre le régime alimentaire et la physiologie ». Dans la nature, des changements au régime alimentaire modifient le microbiome dans une certaine mesure, « mais pour qu’il change encore plus, il faudrait ensuite attendre un changement physiologique. » Comme ce changement est le fruit de l’évolution, il peut prendre des centaines de milliers d’années à voir le jour.

Toutefois, en captivité, Amato note que le microbiome change plus rapidement. Les primates dans les zoos ont souvent des troubles gastrointestinaux en raison de leur nouveau régime alimentaire : « quelque chose de différent et de non bénéfique se produit dans le microbiome des animaux en captivité », dit-elle. Évidemment, cette étude a des répercussions intéressantes sur l’examen du microbiome humain. Comme des animaux de zoo, la plupart d’entre nous avons quitté le milieu sauvage depuis très longtemps et la « captivité » de l’industrialisation a incontestablement changé notre régime alimentaire. Mais dans quelle mesure cela nous a-t-il changés, dans la façon dont nous sommes construits, dont nous digérons les aliments?

« En ce qui concerne les primates », dit Amato, « il y a quelque chose qui est très clairement un microbiome de gorille. Il y a très clairement un microbiome de chimpanzé. Vraisemblablement, il y a aussi un microbiome humain – mais nous devons apprendre comment le distinguer. Et nous devons comprendre les processus qui ont cours dans cette distinction. »

Étudier l’être humain est bien plus difficile qu’étudier les primates : la géographie, la culture, les choix de style de vie se sont conjugués, au fil des millénaires, pour produire des régimes alimentaires différents – et des microbiomes différents. Selon Amato, « le fait que mon microbiome diffère de celui de mon voisin tient probablement de diverses choses, comme le régime alimentaire, les interactions sociales ou l’utilisation d’antibiotiques. Mais quand on prend du recul et qu’on examine l’ensemble d’une espèce, ces éléments sont en quelque sorte étouffés. Ce qui importe c’est qui vous êtes et comment vous êtes construit en tant qu’animal. »

Une étude mondiale sur le microbiome humain serait sans contredit un projet compliqué. Toutefois, cette nouvelle étude sur les lointains ancêtres de l’humanité suggère qu’une telle initiative pourrait nous permettre de mieux comprendre comment les microorganismes qui nous habitant influencent notre bien-être collectif.

« Ces grandes questions sur l’évolution sont importantes », dit Amato. « Elles ont le potentiel d’influencer notre façon d’aborder la médecine et de rehausser notre compréhension de l’impact du microbiome sur la santé humaine. »